„Słownik staropolskich nazw osobowych” notuje nazwisko Czaja i Czajka od 1369 r. Nazwisko Czaja musiało być jednak częste, skoro już w XV w. słownik odnotowuje wariant pochodny Czajewski lub Czajowski z wtórnym przyrostkiem -ewski lub -owski. Na Pomorzu nazwisko Czaja zanotowane zostało w XVII w. na Warmii, Czajka tamże w XVIII w., na Kociewiu (Bobowo) poświadczone zostało również w XVIII w., na Powiślu Gdańskim dopiero w XIX w. Na Kaszubach potwierdzone zostaje w katastrze frydrycjańskim z 1773 r. w okręgu Sierakowic: Andreas Czaya w Bąckiej Hucie, Paul Czaya w Gowidlinie, Jan Czaya w Paczewie. „Słownik nazwisk współcześnie w Polsce używanych” podaje łącznie 14652 obywatelek i obywateli noszących nazwisko Czaja, z czego najwięcej (2444) w woj. gdańskim. Nazwisko Czajka według tego źródła nosi 16.245 Polaków, z czego 506 w woj. gdańskim.
W objaśnieniu nazwiska Czaja trzeba wziąć pod uwagę dwie możliwości. Pierwsza to wyprowadzenie go od czasownika czaić się, tj. 'czatować, nastawać na kogoś”. Można nawet założyć istnienie wyrazu pospolitego (nie odnotowanego jednak przez słowniki) czaja określającego „tego, co się czai, dybie na kogoś”. Podobnie powstały wyrazy pospolite: zdrada od zdradzić, mowa od mówić czy nazwisko Czuba od czubić itd. Rzymianie mieli przydomki Insidiator i Insidiola od rzeczownika insidiae, -arum „zasadzka, czaty”. Jest też 1 nosiciel nazwiska Wanel w woj. kaliskim i formy pochodne, które można by łączyć z łac. Vanellus „czajka’. Porównać też moża niemieckie nazwisko Kiebitz od rzeczownika Kiebitz „czajka” i polskie nazwisko Kibic 25, z tego 8 w woj. bydgoskim; Kibicz 6 w woj. łódzkim i formy pochodne.
Patrząc na nazwisko Skowron, Piepiórka i odpowiednie wyrazy pospolite skowronek, gwarowo piepiórka „przepiórka”, widać, że nazwiska konserwują dawne formy niezdrobniałe nazw ptaków: skowron, przepióra, które obecnie zanikły. Stosunek człowieka do ptaków był bowiem zawsze pozytywny i dlatego zwracał się do nich zdrobniale i te formy zdrobniałe czy pieszczotliwe stały się postaciami podstawowymi, np. kaszubskie określenie gołąbek na gołębia czy na całym Pomorzu brzózka na brzozę.
Tak więc także nazwisko Czaja mogłoby oddawać pierwotną postać wyrazu pospolitego czaja, a wyraz pospolity czajka byłby już zdrobnieniem. Jednak etymolodzy zawsze podają w językach słowiańskich formę podstawową czajka. Nazwa czajka jest onomatopeiczna, powstała od dźwięku wydawanego przez ptaka, zresztą jak wiele innych nazw ptaków, np. kukułka, turkawka, dzięcioł, kruk i inne. To samo nazwisko Czaja w różnych regionach Polski może mieć jednak inną genezę, stanowić tzw. nazwisko homonimiczne.
Edward Breza